In zijn romans en verhalen gaat het altijd om gewone mensen, maar door intens licht op hen te laten vallen, komen ze los van de werkelijkheid en worden tot raadselachtige personages. Literatuur, volgens Siebelink, hoort mensen bijzonder te maken. In het oerverhaal ‘Witte chrysanten’ zitten alle motieven die hij later in zijn romans De herfst zal schitterend zijn (1980), En joeg de vossen door het staande koren (1982), De overkant van de rivier (1990) zou uitwerken. Geleidelijk aan werd duidelijk wat die motieven waren: de kwekerij die steeds meer het beeld zou worden van het verloren paradijs, het duistere geloof van de vader dat, hoe exact en liefdevol beschreven, nooit begrepen zal worden, het middelbaar onderwijs, de sociale rangorde in een ogenschijnlijk genivelleerde samenleving en bovenal de jeugdjaren in het land van herkomst: Velp en omstreken.

In de loop der jaren behield hij van de decadente thematiek alleen de verfijnde waarneming en zijn gevoel voor een broeierige atmosfeer over. Het leven op school staat centraal in zijn eerste roman Een lust voor het oog (1977). De ontwikkeling van het schoolthema loopt parralel aan de ontwikkeling van de schrijver van gekwelde dandy tot een scherp waarnemer (in Laatste schooldag, 1994). Hoezeer hij zijn persoonlijk stempel kan drukken op zijn onderwerp, is te zien in Pijn is genot (1992), waarin wielrenners als Erik Breukink en Johan van der Velde als devote avonturiers worden neergezet.

In 2002 maakte hij de overstap naar De Bezige Bij, waar zijn historische roman over Margaretha van Parma verscheen, Margaretha, gevolgd door Eerlijke mannen op de fiets (2002) en de grote roman geïnspireerd op zijn jeugdjaren in Velp: Knielen op een bed violen (2005). Met dat laatste boek bereikte Siebelink een ongekend groot publiek van een half miljoen lezers, en geheel terecht kreeg hij de AKO Literatuurprijs en nominaties voor de Libris Literatuurprijs en de NS Publieksprijs. De roman werd succesvol verfilmd door Ben Sombogaart, met in de hoofdrollen Barry Atsma en Gijs Scholten van Aschat.

Heruitgaven van zijn oudere werk verschenen, waaronder de twee romans die nauw samenhangen met Knielen op een bed violen: De overkant van de rivier en Engelen van het duister. Tezamen vormen deze boeken een trilogie waarin Siebelink een kaleidoscopisch beeld geeft van de decennia die hem hebben gevormd, en de personages die hem na aan het hart liggen, in het bijzonder de vader van de schrijver, voor wie Siebelink zo’n grote liefde had dat hij zich volledig met hem identificeerde. In september 2008 verscheen Suezkade, waarover De Groene Amsterdammer het volgende schreef: ” Suezkade kan meteen worden gecanoniseerd als een van de schitterendste schoolromans uit het Nederlands taalgebied.” In 2013 publiceerde De Bezige Bij het OerboekDaniël in de vallei, de allereerste roman die Siebelink ooit schreef, maar die vervolgens veertig jaar in een la bleef liggen. Voorjaar 2014 verscheen De blauwe nacht, waarover Het Parool schreef: “Het Franse straatrumoer van de jaren zestig, decadentisme, kleinburgerlijke Hollandse religie, een hang naar eeuwigheid, het lijkt een staalkaart, alsof Siebelink nog één keer wil laten zien waartoe hij allemaal in staat is.” Najaar 2015 verscheen de roman Margje, waarin Siebelink terugkeert naar het gezin uit Knielen op een bed violen.
In september 2017 zag zijn meest recente roman De buurjongen het licht, een magnifiek portret van de buurjongen van de familie Sievez, Henk Wielheesen.
Ter gelegenheid van Jan Siebelinks tachtigste verjaardag verscheen er in februari 2018 een schitterende ode aan zijn stille plantenrijk, de ziel van zijn schrijverschap, onder de titel De bloemen van Jan Siebelink. Een adembenemend mooie geïllustreerde uitgave, verrijkt met eindeloos veel citaten over bloemen uit zijn romans en verhalen. Tegelijk verscheen er ook een geïllustreerde editie van Siebelinks beroemde roman Knielen op een bed violen, met houtsneden van Klaas Gubbels.

In 2019 schreef Jan Siebelink het Boekenweekgeschenk Jas van belofte.